Mittetulundusühing FC Levadia on asutatud 22.10.1998. Klubi esindusmeeskond, mis mängis aastatel 1999-2003 Eesti Meistriliigas Maardu FC Levadia nime all ning kannab alates 2004.aastast Tallinna FC Levadia nime, on viiekordne Eesti meister (1999, 2000, 2004, 2006, 2007) ja karikavõitja (1999, 2000, 2004, 2005, 2007).

Alates hooajast 1999/2000 on FC Levadia pidevalt esinenud UEFA karikasarjades ning kohtunud seal mitmete Euroopa tippklubidega nagu Newcastle United (Inglismaa), FC Twente Enschede (Holland), Crvena Zvezda belgrad (Serbia), Steaua Bucuresti (Rumeenia), Šahtar Donetsk (Ukraina), Bohemian FC Dublin (Iirimaa), UD Leiria (Portugal), FC Zürich (Šveits), Dinamo Tbilisi (Gruusia), Maccabi Tel Aviv (Iisrael) jne.

FC Levadia 10-aastase ajaloo senine tipphetk koitis 2006.aastal kui klubi võitis ülekaalukalt Eesti meistritiitli ning jõudis esimese Eesti klubina eurosarjas kolmandasse ringi. Seejuures kukutas FC Levadia UEFA karikasarjas konkurentsist Soome klubi Valkeakoski Haka ja hollandlaste Enschede Twente ning võitles edukalt Inglismaa jalgpallihiiglaste Newcastle Unitediga.

FC Levadia esindusmeeskonda on juhendanud mitmed tuntud treenerid nagu Sergei Ratnikov, Valeri Bondarenko, Pasi Rautiainen, Franco Pancheri ja Tarmo Rüütli. Alates 3. märtsist 2008 on FC Levadia peatreeneriks Igor Prins, keda abistavad Marko Kristal ja Algimantas Briaunis. Esiliigas mängivat FC Levadia duubelmeeskonda juhendavad Urmas Hepner ja Aleksandr Puštov.

FC Levadia on rajanud Maarjamäel paiknevale kinnistule aadressil Kose tee 4 kaasaegse jalgpallikompleksi, mis peab tulevikus rahuldama nii klubi esindusmeeskonna, duubelmeeskondade, naiskonna kui osaliselt ka noortevõistkondade treeningvajadusi. 2007. aastal valmisid valgustusega kunstmuruväljak ning naturaalsed muruväljakud, ees ootab staadionihoone ja väikesemõõdulise jalgpallihalli rajamine kinnistu merepoolsesse serva. Ainuüksi 2007.aastal investeeris klubi Maarjamäe kompleksi väljakute ehitamisse 27 miljonit krooni. FC Levadia treeningbaasi rajamist on toetanud ka Tallinna linn ning Rahvusvaheline Jalgpalliföderatsioon (FIFA) Eesti Jalgpalli Liidu kaudu.

Alates 2000. aastast on FC Levadia korraldanud Kadrioru staadionil rahvusvahelist heategevusüritust "Lastele tervis - EI narkootikumidele!", millega propageeritakse jalgpalli ja tervislikke eluviise kui positiivset vastet narkomaaniale ja tänavakuritegevusele. Nimetatud ürituse patroonidena on Tallinnat külastanud spordilegend Sergei Bubka, Vladislav Tretjak ja Igor Belanov, kohalike patroonidena on üles astunud Erika Salumäe, Mart Poom ja Erki Nool.
2007. aastal oli ürituse patrooniks Portugali jalgpallikuulsus Eusébio.